Paleoilustracion

Ray Harryhausen

Ayer murió Ray Harryhausen, "padre" de miles de paleofriquis en todo el mundo.

2013-05-08 | Haz un comentario (hay 7)

Etiquetas: Harryhausen

Biologia

El genoma del celacanto concuerda con su evolución lenta

Los celacantos fueron primero descubiertos en el registro fósil y se consideraron un antiguo y extinto tipo de pez. Sorprendentemente, en 1938 se encontró en Sudáfrica un espécimen vivo, de estructura muy similar a la de sus parientes de hace más de doscientos millones de años. Por eso se le aplica siempre la expresión darwiniana "fósil viviente" (que no gusta a muchos divulgadores). Se conocen dos especies actuales de celacantos: el indonesio (Latimeria menadoensis) y el africano (Latimeria chalumnae). Este último está en grave peligro de extinción. Su genoma ha sido secuenciado y analizado por un gran equipo de científicos. Sus conclusiones se publican en Nature.



En el mismo número se ha publicado también el genoma del pez cebra (Danio rerio), un pez "típico" de aletas radiadas, bastante alejado filogenéticamente de nosotros. El celacanto, en cambio, es un pez de aletas lobuladas o carnosas, el tipo de aleta que se transformó en las patas de los primeros anfibios. El genoma del celacanto permite, mediante su comparación con otros genomas y secuencias parciales, averiguar unas cuantas cosas sobre la evolución de los tetrápodos (nosotros, los vertebrados terrestres) y los cambios que sufrieron nuestros antepasados durante su adaptación al medio seco. La "conquista" (siempre se dice así) de la tierra firme. Destaco algunos resultados del trabajo que me han parecido interesantes entre muchos otros:

• Los celacantos no son los peces actuales más cercanos a los tetrápodos, sino que son los segundos más emparentados después de los dipnoos (peces pulmonados). 


• Las proteínas han evolucionado más lentamente en el linaje del celacanto que en otros linajes de vertebrados. Han cambiado aproximadamente el doble de despacio que las de los tetrápodos desde que ambos linajes divergieron. Esto concuerda bien con la escasez de cambio morfológico en los celacantos durante su larguísima historia. (De todos modos, si las proteínas hubieran cambiado a una velocidad más normal, eso también habría sido compatible con una escasa evolución morfológica: los cambios que se van acumulando pueden ser de escaso o nulo efecto en la forma del cuerpo).


• Los autores señalan que realmente desconocen a qué se debe la evolución tan lenta del celacanto, pero proponen como explicación un ambiente estático y la ausencia de depredación casi permanentes. Estos peces no habrían necesitado adaptarse mucho más.


• El genoma del celacanto presenta una cantidad y diversidad de transposones (secuencias "saltarinas") que no tienen nada que envidiar a las de otros vertebrados. Los transposones se han propuesto como causa de cambios evolutivos rápidos y de cierta magnitud. No parece ser así, al menos en el caso de este pez tan "conservador".


• Los reordenamientos cromosómicos a gran escala también se proponen como causa de cambios evolutivos importantes; estos reordenamientos parecen haberse producido en poca cantidad a lo largo del linaje del celacanto.


• Los genes homeobox también son considerados por algunos biólogos como "panaceas evolutivas", la fuente de las modificaciones en el "plan corporal" de los animales. Sin embargo, se detectan solo muy ligeras diferencias en estos genes entre el celacanto, los peces de aletas radiadas y los tetrápodos. Los genes Hox (y lo siento por sus fans) no parecen haber contribuido demasiado a la gran transformación de pez a vertebrado terrestre.


• Gracias al genoma del celacanto y al del pez cebra pueden detectarse grandes cantidades de secuencias reguladoras no codificantes que evolucionaron solo en los tetrápodos. Y también bastantes genes de "pez" (de momento, unos 50) que hemos perdido en nuestra rama.

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Chris T. Amemiya et al., 2013. The African coelacanth genome provides insights into tetrapod evolution. Nature 496,311–316 (18 April 2013) doi:10.1038/nature12027 (libre acceso)

Imagen obtenida de www.arthursclipart.org

2013-04-19 | Haz un comentario (hay 35)

Etiquetas: tetrápodos, genoma, dipnoos, celacanto

¡Desdarwinizaos!

La idolatración de Charles Darwin, lejos de extinguirse con el paso del tiempo, aumenta de un modo exasperante (una muestra reciente la tenemos en la publicación digitalizada de casi nueve mil cartas de este naturalista de clase social privilegiada a sus colegas igualmente favorecidos).

Es pertinente enfatizar que Darwin, cuyos méritos científicos no vamos a soslayar, pero que ya se han glosado y hagiografiado suficientemente, incluso hasta el tedio y la náusea, es por otra parte una de las influencias intelectuales más deletéreas que tenemos hoy, especialmente para nuestros jóvenes, y con la que está cayendo.

No se me da bien la cháchara, como ya habéis notado en los dos párrafos anteriores. Así que iré al grano: el Darwinismo y su idea fetiche, el Ultra-Gradualismo, suponen hoy en día un lastre para el Progreso social y político. Al considerar la realidad, la realidad biológica pero también la realidad total, es decir, la Realidad, por extensión, extrapolación y proyección de la teoría darwiniana, como una masa arcillosamente informe, isomórfica, isotrópica, homogénea, homocedástica y sin grumos o cantos de ningún tipo (Darwin no creía en la factibilización de las mutaciones, todas ellas letales en un medio ambiente natural "rojo de diente y garra", sólamente en la variación infinitesimalmente continua que, tras numerosísimas generaciones, podía acumularse en una leve variación), el Darwinismo incrustado en nuestras mentes por los programas educativos del Régimen impide siquiera que consideremos la posibilidad de una -incluso- pequeña discontinuidad, de un mínimo salto, de una mutación en el Sistema.

Pero el Sistema debe mutar. Aún más: debe mutar cromosómicamente (como ocurre con el Síndrome de Edwards, por ejemplo). No intentemos modificar dulcemente nada de lo preexistente. Atrevámonos a dar un salto a ciegas. Deshagámonos del Darwinismo anquilosante. Jóvenes, ¡desdarwinizaos!

ATENCIÓN: El texto anterior no tiene ningún sentido y es una broma por el 1 de abril.

2013-04-01 | Haz un comentario (hay 25)

Etiquetas: darwinismo

Paleontologia

El Adán del cromosoma Y y la tercera hibridación

"No le llames Adán: los genes de un hombre de Carolina del Sur ayudan a poner fecha al primer hombre" (Fox News)

"El primer afroamericano se remonta a hace 338.000 años" (Live Science)

"El padre de todos los hombres tiene 340,000 años de edad" (New Scientist)

"El 'padre' de la especie humana vivió hace 340.000 años" (La Vanguardia)

Ninguno de estos titulares menciona el cromosoma Y, que es el meollo del asunto (éste otro, sí). Según recientes estimaciones, 142.000 años sería la fecha aproximada de las primeras ramificaciones evolutivas de estos cromosomas. En esa época, nuestros antepasados africanos eran ya Homo sapiens anatómicamente modernos.

Pero faltaba por detectar un linaje de cromosomas Y de ramificación aún más temprana: el A00. Éste ha sido precisamente el hallazgo. Primero se descubrió en un estadounidense, un "afroamericano" fallecido cuya muestra genética había sido enviada por su familiar a una empresa de análisis genealógicos. Después se detectaron, en baja frecuencia, cromosomas similares en hombres de Camerún. Su secuencia parcial permite estimar la fecha de la primera divergencia: unos 338.000 años.

El "Adán del cromosoma Y" se define como hombre más reciente del cual descienden todos los cromosomas Y de la población humana actual. El "Adán del cromosoma Y" no fue el primer hombre sobre la Tierra, del mismo modo que la "Eva mitocondrial" no fue tampoco la primera mujer. Tampoco estamos hablando necesariamente Superwoman y Superman; eran, en principio, individuos corrientes, separados por muchos miles de años, que vivieron junto a otros individuos corrientes (muchos de ellos, antepasados nuestros también).

Si el Adán del cromosoma Y vivió hace 338.000 años, entonces seguramente no era un Homo sapiens anatómicamente moderno sino (según se quiera clasificar) un Homo sapiens "arcaico", un Homo rhodesiensis, o un Homo heidelbergensis.

El linaje A00 de cromosomas Y divergió, por tanto, antes de que surgiera nuestra especie. Pero esto no es ninguna anomalía: la genealogía de las especies no tiene que coincidir con la de los genes o la de los cromosomas. Lo que sí resulta un poco extraño es que el cromosoma A00 no se haya detectado entre los bosquimanos, cazadores-recolectores del África subsahariana, que son quienes poseen en alta frecuencia los otros linajes de cromosomas Y (y también mitocondriales) más antiguos.

Los investigadores proponen que el cromosoma A00 llegó a ciertas poblaciones africanas por... ¡otra vez! hibridación. Bastante después de que evolucionara Homo sapiens anatómicamente moderno, y quizá en una fecha relativamente reciente, una o varias mujeres africanas se cruzaron con hombres "arcaicos". Existen otros indicios de hibridaciones en África (este trabajo, con autores comunes) y también hay pruebas fósiles de la existencia de humanos de rasgos primitivos en Nigeria hace tan solo 15.000 años, coexistiendo por tanto con los africanos anatómicamente modernos.

Sería la tercera hibridación (por orden de descubrimiento) entre especies o subespecies de humanos. Tenemos un cruce con neandertales, otro con "denisovanos", y probablemente otro más o unos cuantas más con arcaicos africanos. Menudo cachondeo.

Y los titulares... bueno, ellos a lo suyo, en su mundo lisérgico.

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Mendez et al. 2013. An African American Paternal Lineage Adds an Extremely Ancient Root to the Human Y Chromosome Phylogenetic Tree. The American Journal of Human Genetics - 7 March 2013 (Vol. 92, Issue 3, pp. 454-459)

2013-03-09 | Haz un comentario (hay 26)

Etiquetas: hibridación, arcaicos, Adán del cromosoma Y

Biologia

Acertijo: Adán del cromosoma Y

El "Adán del cromosoma Y" tuvo al menos dos hijos varones.
¿Por qué lo sé?

Responded en los comentarios :o)

(El "Adán del cromosoma Y" fue el individuo más reciente del cual descienden todos los cromosomas Y de las poblaciones humanas actuales)

2013-03-08 | Haz un comentario (hay 23)

Etiquetas: adivinanza, Adán del cromosoma Y, acertijo

Golpe final al ENCODE (y viva el ADN basura)

Como recordaréis, hace unos meses los medios de comunicación de todo el mundo y los sitios web especializados en ciencia daban la noticia de que la mayor parte de nuestro genoma tenía una función esencial para el organismo; el concepto de "ADN basura" había sido demolido por los resultados del proyecto ENCODE.

Pero aquello era imposible (a no ser que la teoría evolutiva y la genética en general estuvieran equivocadas en aspectos muy fundamentales, y eso no tiene ninguna pinta de ocurrir por mucho que les pese a creacionistas y a unos cuantos "evolucionistas heterodoxos"). El ADN basura existe en grandes cantidades, y de forma probada. Además de existir en la realidad, en teoría también tiene que existir.

De modo que escribí un FAQ algo apresuradamente (y además me puse on fire en Twitter).

Ha pasado algo de tiempo y ese post ha aguantado muy bien. Hoy en día, las afirmaciones sobre el ADN basura y sobre la funcionalidad del genoma que se hicieron durante la divulgación y la "venta" en los medios del proyecto ENCODE son ampliamente consideradas una... grandísima cagada.

Un artículo publicado ayer en Genome Biology and Evolution le da tal somanta de palos (palos científicos, no exentos de ironía y cierta crueldad) a las fanfarronadas del ENCODE que probablemente haya puesto el punto y final a este triste asunto en la comunidad de biólogos, si es que aún quedaba algo de controversia ahí. Fuera de dicha comunidad, o sea, para el lector común de noticias científicas, me temo que el ADN basura seguirá tratándose erróneamente como la creencia obsoleta de unos investigadores arrogantes que, cuando no saben para qué sirve algo, lo desprecian como algo inútil.

"The ENCODE results were predicted by one of its authors to necessitate the rewriting of textbooks. We agree, many textbooksdealing with marketing, mass-media hype, and public relations may well have to be rewritten".

El artículo es magnífico, perfecto, divertido, demoledor (hay que tener cierta base de genética y biología molecular para entenderlo al 100%). Puede leerse gratis aquí. Desde hoy, Dan Graur, Yichen Zheng, Nicholas Price, Ricardo B. R. Azevedo, Rebecca A. Zufall, y Eran Elhaik son mis ídolos.

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*Dan Graur et al. On the immortality of television sets: “function” in the human genome according to the evolution-free gospel of ENCODE. Genome Biol Evol (2013) first published online February 20, 2013. doi: 10.1093/gbe/evt028

2013-02-21 | Haz un comentario (hay 21)

Etiquetas: ENCODE, ADN basura

Paleoilustracion

Nyctosaurus sebulbai, por Qilong

2013-02-20 | Haz un comentario (hay 14)

Etiquetas: pterosaurios, Nyctosaurus

Temas varios

Dinopollo y niño neandertal. Encuesta sobre bioética

Me gustaría saber vuestra opinión sobre el aspecto ético de estos dos proyectos científicos. Para dar una respuesta más elaborada ahí abajo están los comentarios. Gracias.
(Ojo, se pueden marcar las dos primeras preguntas juntas).
Información:
Se busca “mujer intrépida” para parir un bebé neandertal (Materia)
Queremos obtener un pollosaurio a partir de una gallina (agencia SINC)

2013-01-21 | Haz un comentario (hay 86)

Etiquetas: neandertal, Jack Horner, ingeniería genética, dinosaurios, clonación, chickenosaurus

Paleontologia

Sulcavis

¿Por qué ninguna de las aves actuales tiene dientes? ¿Será porque no les hacen falta? ¿porque les sería desventajoso cargar con ellos (quizá pesan demasiado)? ¿O será simplemente porque hace muchos millones de años sus antepasados perdieron la capacidadad de desarrollar dientes, y aunque fueran útiles para alguna especie de hoy, ya no pueden re-evolucionar?


La nueva estrella de Liaoning es la Sulcavis geeorum, ave enantiornitina (grupo extinto) del Cretácico que poseía una dentición robusta y ornamentada, probablemente especializada en alimentos duros. El artículo científico* se puede descargar gratis.

Ésta y otras especies dentadas eran aparentemente buenas voladoras, y hasta ahora todo indica una perfecta compatibilidad entre las circunstancias "ser una ave", "volar" y "tener dientes". Aun así, las aves han perdido los dientes en varias ocasiones independientemente durante su historia evolutiva (y también algunos dinosaurios no avianos) para no recuperarlos nunca después.

Más información: Tierra de Dinosaurios, Science Daily

Imagen: espécimen casi completo de Sulcavis geeorum. Fuente: Journal of Vertebrate Paleontology.
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*Jingmai K. O’Connor, Yuguang Zhang, Luis M. Chiappe, Qingjin Meng, Li Quanguo & Liu Di (2013). A new enantiornithine from the Yixian Formation with the first recognized avian enamel specialization. Journal of Vertebrate Paleontology 33(1):1-12. DOI:10.1080/02724634.2012.719176

2013-01-08 | Haz un comentario (hay 29)

Etiquetas: Sulcavis, dientes, Aves

Biologia

Woese

Ha muerto el gran microbiólogo Carl Woese. Me gusta este comentario de Joe Felsenstein:

"Él introdujo la noción de que los microbios podían evolucionar. Antes de su trabajo y el de sus estudiantes a finales de los años 70, la mayoría de los textos de microbiología tenían discusiones sobre clasificación pero no sobre filogenia. Los grupos microbianos eran definidos según qué sustancias químicas podían teñirlos o según algún detalle de su metabolismo. Pero no había árboles en los textos de introducción a la microbiología (...)".

Se refiere a árboles evolutivos, claro. No a los de madera.

Woese es más conocido por el "descubrimiento del tercer dominio de la vida". Y ya podemos meternos en la eterna discusión sobre si clasificar de forma diferente unos organismos es realmente hacer un descubrimiento. Woese se basó en una gran distancia de parentesco evolutivo (algo que sí se descubre) para dividir las bacterias en dos tipos: arqueobacterias y eubacterias. Algo más tarde enfatizó sus diferencias (que son realmente muy interesantes) renombrando ambos grupos como Archaea y Bacteria. Mediante este truco excluyó a las arqueas de su tradicional cajón bacteriano. Su sistema fue ganando gradualmente aceptación en la comunidad científica hasta la (casi) unanimidad actual.

Excluir a las arqueas de las bacterias crea algunas pequeñas paradojas de la nomenclatura. Hoy en día se suele considerar incorrecto llamar "bacterias" a las varias especies del género Halobacterium, pertenecientes a la familia de las Halobacteriáceas, orden Halobacteriales, clase Halobacteria, literalmente "bacterias de la sal". ¿Por qué? Porque están en el grupo de las arqueas y por tanto *no son* bacterias.

El *no ser bacterias* se explica a veces como si fuera un hecho real, algo de la naturaleza que alguien (Woese en este caso) descubre, obligándonos a adaptar la clasificación:

"Aunque muchos libros y artículos aún se refieren a ellas como "Archaebacteria", ese término ha sido abandonado porque [mis cursivas] no son bacterias; son arqueas"

Según Lynn Margulis, Woese, al proponer el término arquea, "trató de negar la naturaleza bacteriana de las arqueobacterias". Yo es que no sé muy bien lo que es la naturaleza bacteriana de las arqueobacterias, como tampoco sabría decir lo que es la naturaleza primate de los lémures, o de los humanos (algo en lo que se insiste mucho últimamente), o la naturaleza reptiliana de los pterosaurios... En mi opinión, las clasificaciones no son reflejos de la naturaleza o la esencia de los seres vivos, ni tampoco son "descubrimientos" de grupos que están ahí. Son artificios que contruyen los humanos con una buena dosis de arbitrariedad, idiosincrasia, moda, estrategia, etc. Son artificios muy útiles, eso sí. Sin embargo, de todo lo que hizo Carl Woese, puede que sus divisiones y sus nombres sean precisamente lo de menos.

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En la imagen, halobacterias. Fuente: NASA

2013-01-04 | Haz un comentario (hay 61)

Etiquetas: Woese, microbiología, filogenia, clasificación, bacterias, arqueas