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FAQ: El Proyecto ENCODE y el supuesto fin del ADN basura

Marchando otra de titulares "discutibles":
  • El "ADN basura" tiene un propósito según revela un nuevo mapa del genoma humano (CBC News)
  • El estudio Encode demuele la teoría del "ADN basura" (Wired, The Independent)
  • El concepto del "ADN basura" demolido por un nuevo análisis del genoma humano (The Washington Post)
  • El ADN basura, demolido (The Wall Street Journal)
  • No existe ADN basura (QUO)
  • El ADN basura es esencial para el funcionamiento del genoma humano (Expansión)
En realidad está muy bien probada la existencia de grandes cantidades de ADN basura en los genomas de los seres vivos de todo tipo (hasta en las bacterias). Los trabajos recién publicados a los que se hace referencia en esas noticias no han tirado por tierra este "concepto" del ADN basura, ni sus autores lo han afirmado en esos trabajos. Comencemos el FAQ*

¿Qué es el ADN basura?
Aunque no hay una definición perfectamente consensuada, en general se entiende que el ADN basura es aquel que no tiene ninguna función biológica, que existe en el genoma sin aportar características ventajosas o útiles al organismo portador, y cuya acumulación es tolerada hasta cierto punto. Puede incluir, por ejemplo, restos de antiguos genes que se han degradado o restos de secuencias de origen "parasitario" (inserciones de virus, transposones defectivos, etc.).

¿Cuánto ADN basura hay?
En el genoma humano, algo más del 50% consiste en transposones defectivos y pseudogenes que claramente son basura. Éste sería probablemente un mínimo; el porcentaje real bien podría llegar hasta el 90%, pero esto es controvertido. En una bacteria como la del tifus, la Rickettsia, el 24% de su genoma consiste en pseudogenes (antiguos genes que se han degradado) y ADN no codificante que se comporta evolutivamente como ADN basura.

¿Es lo mismo ADN basura que ADN no codificante?

No. El ADN no codificante es toda secuencia de ADN que no codifica (no sirve para especificar) la secuencia de una proteína. A veces se dice que es el ADN que no consiste en genes (aunque  podríamos discutir durante horas la definición de gen). Se sabe desde hace mucho tiempo que el ADN no codificante puede tener diversas funciones, como por ejemplo regular la producción de las proteínas. Es un error llamar "ADN basura" a todo el ADN no codificante, o en general a las secuencias que no conocemos bien. Sin embargo, está bien probado que gran parte del ADN no codificante es realmente ADN basura.

¿Es lo mismo ADN basura (junk DNA) que ADN oscuro (Dark DNA Matter)?
Tampoco, exactamente. Por lo general esta expresión se refiere a esas grandes regiones del genoma cuya función, si es que tiene alguna, se desconoce. Incluiría por tanto al ADN basura real.

¿La expresión "ADN basura" es científica o solo se usan en el periodismo y la divulgación?
Es una expresión genuinamente científica (se debe al gran genetista evolutivo Susumu Ohno). Sin embargo hay bastantes científicos que no quieren usarla porque tiene connotaciones peyorativas o porque piensan que da lugar a malentendidos. La escriben entrecomillada o la reservan para las discusiones menos formales. Otros investigadores la emplean sin complejos y la podemos encontrar en varios artículos especializados.

¿No será que el ADN basura tiene una función, pero no la conocemos?
Partiendo de la teoría evolutiva y del conocimiento acumulado hasta ahora sobre genética y genómica, parece muy improbable (por no decir imposible) que todo el ADN tenga una función, porque eso implicaría que existe un mecanismo misterioso que inmediatamente le "encuentra" una utilidad a todas y cada una de las secuencias que se desactivan por mutaciones o que aparecen como consecuencia de transposiciones e infecciones. También parece prácticamente imposible que la selección natural elimine cualquier secuencia inútil que aparezca en un genoma, ya que su coste energético y por tanto su influencia en el número de hijos del individuo va a ser despreciable (especialmente en un ser vivo tan enorme como un humano). Solo cuando la acumulación de estas secuencias "se sale de madre" y comienza a suponer una desventaja, la selección natural empezará a "sacar la basura". Estos argumentos teóricos, y otros más difíciles de explicar, hacen inevitable la existencia del ADN sin función en los genomas, especialmente en los genomas de organismos grandes. Pero además, experimentalmente se comprueba que hay secuencias que evolucionan como cabría esperar si no tuvieran función y resultaran "invisibles" a la selección natural.

Pero ¿Y si su función es simplemente estar ahí, de relleno, para dar estabilidad al cromosoma o algo así?
Ésa es una hipótesis muy interesante y me parece que aún se está sometiendo a prueba. Se puede considerar que, en ese caso, el ADN basura no sería estrictamente basura. Su secuencia estaría libre para evolucionar "basurilmente" pero se conservaría, más o menos, su cantidad. Modificar la secuencia al azar no tendría consecuencias, pero eliminar ese ADN conllevaría problemas serios para el organismo. Las pruebas que yo conozco van predominantemente en contra de esa hipótesis del "ADN basura estructural" (ejemplos para los más entendidos: 1, 2).

Pero yo he leído varias veces que se han encontrado funciones a lo que antes se consideraba ADN basura.
Sí. En mi opinión el error ahí ha consistido en considerar ADN basura "por defecto" a una secuencia sin haberla estudiado bien primero.

¿Por qué los medios están diciendo que unos estudios han demolido la teoría del ADN basura?
Porque se ha producido un gran malentendido y han metido la pata tanto científicos como divulgadores. Los trabajos del proyecto ENCODE concluyen que el 80% del genoma humano (y quizá más) tiene lo que han llamado funcionalidad bioquímica específica. Este concepto se ha confundido con el de "función biológica" y por tanto se ha pensado erróneamente que refutaba la existencia de una gran cantidad de ADN basura.

¿Qué es ENCODE?

ENCODE significa Encyclopedia Of DNA Elements. Es un gigantesco proyecto científico internacional que busca, en palabras de Ed Yong, catalogar cada letra del genoma humano que "hace algo". ENCODE acaba de producir treinta artículos que se han publicado en diversas revistas  científicas, incluida la ínclita Nature.

¿Qué significa que una secuencia de ADN tenga "funcionalidad bioquímica específica"?
Según lo que he entendido, los científicos del ENCODE quieren decir con eso que la secuencia, al menos en alguno de los tipos de células las que han investigado, está desplegada y expuesta, o que muestra indicios de que está siendo transcrita (produciéndose ARN), o bien que hay proteínas que están adheriéndose específicamente a esa secuencia.

¿No implica la "funcionalidad bioquímica específica" que esa secuencia de ADN está haciendo algo útil y por tanto no es basura?
No. Toda esa actividad podría ser inútil, irrelevante e incluso contraproducente para la célula.

¿Pero no es más lógico que el ADN basura no haga nada?
El ADN no hace "nada" por sí solo, ni siquiera cuando se trata de una secuencia génica imprescindible. Son las proteínas y otras moléculas de la maquinaria celular quienes reconocen secuencias, se pegan a ellas, despliegan o empaquetan zonas del ADN, transcriben las secuencias, etc. Una proteína reguladora puede estar pegándose a una secuencia basura porque ésta se parece a la de una secuencia "util", por ejemplo.

¿Han dicho los científicos del ENCODE que la "funcionalidad bioquímica" de una secuencia implica función o utilidad o ventaja para el organismo?

Que yo sepa, no.

¿Han dicho los científicos del ENCODE que sus hallazgos refutan la existencia del ADN basura?
Creo que no, aunque no descarto que lo hayan dicho en entrevistas. Ni siquiera encuentro la palabra junk en los trabajos de libre acceso publicados en Nature.

¿Entonces todo se debe simplemente a una confusión de tipo terminológico?

El concepto bioquímico de "función" es muy distinto al biológico, pero probablemente hay bastante más miga en este asunto. Hay mucha gente que, psicológicamente (dejando a un lado si conoce o no las pruebas científicas) parece molestarle el concepto de ADN basura. Resulta más atractiva para la mente la idea de funciones y mecanismos desconocidos aún por descubrir, que la idea de unas secuencias inútiles acumulándose sin control en un sistema tan "maravilloso" como es la célula. Yo he conocido a muchos biólogos que niegan tajantemente la existencia del ADN basura por motivos puramente filosóficos.

¿Por qué este malentendido es nefasto para la lucha contra el creacionismo?
Porque los creacionistas niegan la existencia del ADN basura ya que, según ellos Dios, ha diseñado los sistemas biológicos, y no es digno de Dios ponerse a crear basura en el genoma. Los creacionistas llevan años publicando artículos tóxicos y desinformativos sobre la investigación del ADN no codificante. Los titulares del principio de este post suponen un triunfo estratégico para ellos.

¿Hay alguien que también se haya quejado del malentendido?
Sí, especialmente Lawrence Moran, autor de Sandwalk, que lleva ya unos cuantos posts sobre el tema (en el primero se le nota bastante cabreado). También
En Twitter también ha surgido mucho escepticismo, por ejemplo PZ Myers, de Pharyngula: "ENCODE basically calls *any* molecular interaction with DNA functional. It's intensely circular". Más artículos críticos con la divulgación del ENCODE (Actualizado):
Junk DNA and the Onion Test, de T. Ryan Gregory, y otros artículos recientes suyos sobre DNA basura.
Most of what you read was wrong: how press releases rewrote scientific history, de John Timmer.

¿Y no será que el malentendido lo tienes tú y otros, y que estáis equivocados en todo este asunto?
¡Por supuesto, siempre! Es perfectamente posible y estoy encantado de leer tus argumentos :o)

________________
*FAQ significa Fervientes Admiradores de la Quimiolitotrofía

2012-09-07 | Haz un comentario (hay 76)


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Comentarios

1
De: daniscoping Fecha: 2012-09-07 15:14

Hay una errata: "Partiendo de la teoría evolutiva y del conocmiento acumulado"

Soberbio post, Ernesto. Un saludo.



2
De: El PaleoFreak Fecha: 2012-09-07 16:36

Ya está corregido, gracias.
Lo escribí muy rápido; seguro que hay más.



3
De: Alb. Fecha: 2012-09-07 16:54

"También es prácticamente imposible que la selección natural elimine cualquier secuencia inútil que aparezca en un genoma, ya que su coste energético y por tanto su influencia en el número de hijos del individuo va a ser despreciable (especialmente en un ser vivo tan enorme como un humano). "

"El concepto del "ADN basura" demolido por un nuevo análisis del genoma humano (The Washington Post)"


Si es imposible que la seleccion natural evite completamente el ADN basura, y segun todos los periodicos no existe el ADN basura... Eso significa que hemos sido diseñados por Dios y este quiere que te cortes el prepucio.

(Que facil resulta ser creacionista y sacar de contesto citas y malinterpretar e intoxicar)



4
De: futurama Fecha: 2012-09-07 18:10

Unas dudas que san google o wiki no me han sabido responder:
Varía el número de moléculas de un cromosoma al mismo cromosoma de otro individuo?
Tiene alguna importancia las características físicas de un cromosoma? ( tamaño, volumen, peso, geometría, etc.)



5
De: El PaleoFreak Fecha: 2012-09-07 18:13

No entiendo bien la pregunta ¿número de moléculas de un cromosoma?



6
De: jose Fecha: 2012-09-07 18:43

es increíble la resistencia que tiene la idea del adn basura. la gente se cree la energía oscura y las supercuerdas porque lo dicen los físicos, pero esto no lo pueden concebir. la única noticia sobre adn basura que les merece la pena publicar es cuando alguien dice que no es basura.



7
De: ITsáurido Fecha: 2012-09-07 18:59

Desde el punto de vista de un informático que ya peina canas: hay programas que llevan en funcionamiento desde los años 70 y que con el paso de los años se han ido mejorando. Lo que se hace no es rehacer el programa sino añadir las nuevas funcionalidades con lo que algunas líneas de código quedan obsoletas y se quedan ahí, muertas de risa. No se borran por si acaso, no vayamos a joder el programa. No me extrañaria que la evolución funcionase de manera parecida con el ADN. Hala, ya me podeis mandar a los comentáridos, que hace tiempo que no los actualizais :)



8
De: Daniel Fecha: 2012-09-07 19:17

buen post. es posible que en el ADN basura se guarden vestigios de evoluciones pasadas? eso explicaria como el delfin por ejemplo evoluciono de un mamifero a volver a tener aletas y forma hidrodinamica. una teoria!



9
De: el BIONICLE Fecha: 2012-09-07 21:03

interesante....hasa ahora nisiquiere hemos visto en la escuela el genoma .-.

en fin....despues de un rato de acostumbras a las idioteces de la pensa

P.D. peña nieto es feito :(



10
De: jose Fecha: 2012-09-07 21:17

#7: Muy buena analogía! Un pseudogen es como una antigua función metida entre comentarios...



11
De: Jose Fecha: 2012-09-07 21:56

Desde que te 'descubrí' en una larga serie de comentarios en un post de Amazings veo que no fallas una, chaval. Y lo que es mejor de todo, lo explicas de forma muy sencilla.



12
De: Pedro el cruel Fecha: 2012-09-07 22:39

Y en esto que confundido digo...¡coño, seguro que paleofreak lo explica! Y efectivamente. Siglos que no me pasaba por aquí. Gracias.



13
De: Anónimo Fecha: 2012-09-08 00:25

La basura esa del ADN son restos de vidas pasadas después de varias reencarnaciones.



14
De: FXavier Fecha: 2012-09-08 12:14

Sigamos con las analogías. La esclerotización de actividades basura es habitual en muchos (o en todos los) campos.
En los periódicos, por ejemplo, se pueden identificar secciones basura que tuvieron sentido décadas atrás pero que interesan poco a los lectores actuales.
En los conciertos musicales hay rituales nacidos en otras épocas que se mantienen sin más razón que mantenerlos por costumbre.
En el orden del día de un batallón militar se pueden identificar actividades que alguien ordenó hace tiempo por una razón circunstancial y que nadie se ha movido para suprimirlas luego.
En las universidades, templos del pensamiento racional (jo, jo, oxímoron incluido) se mantienen asignaturas anacrónicas.

Etc. Seguid aportando ejemplos hasta el infinito.

En todos los casos, el status quo es cómodo, y mantener rutinas es más económico que la energía física y mental que supone eliminarlas.



15
De: Claudio Fecha: 2012-09-08 19:08

Muy buen post.



16
De: Hexo Fecha: 2012-09-08 21:23

Creo que la diferencia con todas esas analogías y el ADN basura es que éste último debe seguir sufriendo mutaciones que son acumuladas de manera aleatória, ya que la selección no los afecta. Y esos genes que ya no furulan dejan incluso de parecerse a lo que fueron originalmente. Esos muebles viejos que ya no se usan en la casa, con el tiempo se van degradando hasta perder incluso el aspecto que tuvieron en su día, ya nadie diría que ese montón de basura de la esquina fué una máquina de coser hace 220 millones de años.



17
De: Baryonyx Fecha: 2012-09-08 22:35

Reciclar, reutilizar, reducir.



18
De: FXavier Fecha: 2012-09-09 08:23

Uy lo que has dicho, Baryonyx. Eso es racionalidad.

Amontonar, prolongar, perpetuar. Eso es una ley-raíz de la biología.

(por suerte, no es la única)



19
De: Baryonyx Fecha: 2012-09-09 10:20

Sí, bueno, tú sabes. La selección natural no es sabia ni racional, mas azarosa.



20
De: Memecio Fecha: 2012-09-09 16:54

Clarificador artículo. De libro.
Por cierto, barriendo para casa, yo diría que los "memes-basura" también son la mayoría de los que pululan por ahí. No hay más que ver el 99% de la programación de TV o en internet, totalmente prescindible y sin ninguna repercusión, más que la de hacer bulto. :D.
Otra analogía entre evolución y cultura.



21
De: José Manuel Fecha: 2012-09-09 18:15

Muy, pero que muy, buena entrada. Y la analogía de Memecio, bastante certera. El de Hexo no tiene desperdicio, tampoco.



22
De: Hexo Fecha: 2012-09-10 01:26

Pues yo discrepo con Memecio. Precisamente esos "memes-basura" tienen un gran éxito reproductivo y evolucionan sin parar, por mucho que no te gusten, de basura nada.

A mi me parece que un "meme-basura" por ejemplo es decir "Jesús" a alguien cuando estornuda. El otro día me di cuanta cuando una chica atea le dijo "Jesús" a un musulmán en el curro. Pero esto tampoco me termina de convencer.



23
De: Spinosaurus Fecha: 2012-09-10 03:46

Nada que ver con e post, es una queja: ¡¡¡Ya están aquí!!!, ahora en México, el "Ingeniero Químico" Juan Pendleton , fundador de la asociación de cientificos creacionistas, ha comenzado a dar conferencias de este tipo en el centro de México, e incluso por Internet, Que los dinopsaurios convivieron con el tal Job, jajajaja, ¿hasta donde llegara esto?



24
De: EL PAPA ANGLOSAJON Fecha: 2012-09-10 23:01

EL AND BASURA NO EXISTE DIOS SI EXISTE EN CONCLUSION ESTE BLOG ES UNA PUTA MIERDA JODANSE TODOS TODOS SON PUTOS ZOERICK COJETE A TU NOVIA EL BIONICLE CHINGEN TODOS A SU MADRE POR CIERTO ME VOY A IR A VIOLAR NIÑOS



25
De: Luis Fecha: 2012-09-11 05:46

Hola Paleofreak:

Leo con frecuencia tus entradas y son geniales. Pero esta vez, leyendo esta entrada y tus comentarios en francisthemulenews creo que quizás por prejuicios de lucha contra los creacionistas, te estás resistiendo a aceptar este estudio y todo lo que implica.

Por lo que yo veo, el centro de la discusión no es la diferencia entre la actividad biológica y actividad bioquímica. Según el estudio, mutaciones en el ADN no codificante, (al menos un 80%) produce, cuando menos enfermedades, lo que al menos, de alguna manera tiene que indicar que, aunque sea indirectamente, ese ADN tiene actividad biológica.

Yo creo que la relevancia de este estudio es que apunta claramente que hay que ver el ADN de otra forma totalmente nueva y diferente a la tradiconal. El ADN ya no es sólo las instrucciones para codificar proteinas.

Este estudio evidencia sobradamente que la mayor parte del ADN tiene otro "código", aún por descubrir, que se encarga de regular en que líneas celulares se expresarán unos genes sí y otros no, en proteinas. Este estudio no explica en que consiste este nuevo código, pero si indica que el nuevo código es el que se encarga de "ordenar", "controlar", "dirigir" cuando es necesario ir al ADN codificante, y "elegir" entre las 25.000 recetas para crear proteinas, cual se activa y cual no, dependiendo del tejido celular, el fase embrionaria, de las agresiones externas, etc.

El 1,5% del ADN codificante, consta de unos 25.000 genes, que son prácticamente los mismos que en los gorilas, anfibios, y gusanos y casi si me apuras hasta eucariotas unicelulares. Si atendemos al ADN que codifica proteinas, apenas hay diferencia entre una lombríz y un mamifero. El numero de genes es comparable, la secuencia de nucleotidos, demasiado similar, y las proteinas muy parecidas. Por tanto, no parece que el ADN codificante, es decir los genes clásicos, sirvan para explicar esa diferencia de complejidad entre un gusano (invertebrado, sin extremidades ni sistema nervioso) y un ratón.

En cambio el ADN "basura" aumenta con la complejidad del organismo. El ADN "basura" es casi inexistente en organismos unicelulares, y va aumentando en los invertebrados, más en los vertebrados y mucho más en primates. Hay una buena correlación entre la cantidad de ADN no codificante y la complejidad del organismo. Lo que parece indicar, que la complejidad de los organismos pluricelulares bien puede residir en el ADN, pero en un "código nuevo", con reglas diferentes, en lo que hasta ahora creiamos que era restos antiguos de ADN que no tenían utilidad ninguna.

Estupendo blog.



26
De: El PaleoFreak Fecha: 2012-09-11 09:14

" Según el estudio, mutaciones en el ADN no codificante, (al menos un 80%) produce, cuando menos enfermedades, "

Según lo que yo he entendido. Han encontrado variantes genéticas asociadas a enfermedades (pero no necesariamente causa de enfermedades), y algo menos del 80% de ellas las han encontrado en ADN no codificante. Eso no significa que el 80% de ese ADN pueda producir enfermedades.

"El ADN ya no es sólo las instrucciones para codificar proteinas."

Pero es que eso ya se sabía desde hace décadas. Lo tienes en cualquier libro de texto viejuno ;o)

"Este estudio evidencia sobradamente que la mayor parte del ADN tiene otro "código", aún por descubrir"

No lo creo, de momento. Lo del nuevo código, lo de la enorme red tridimensional de regulación, etc., es una interpretación (radical) de los datos, que necesita probarse en el futuro. De cualquier modo yo no niego que el ENCODE haya descubierto algo importante o nuevo. Lo que hago es criticar la afirmación de que el ENCODE demuestra que no existe el ADN basura.

"En cambio el ADN "basura" aumenta con la complejidad del organismo"

¿Estás seguro de eso? El genoma de la cebolla es varias veces mayor que el genoma humano. El genoma de cierto saltamontes Podisma pedestris es cien veces mayor que el de la drosófila, y su complejidad es similar. Etcétera.

"El ADN "basura" es casi inexistente en organismos unicelulares"

Si un organismo es pequeño y de reproducción rápida, el coste de acumular ADN basura es más fácilmente "visible" para la selección. De todos modos hay muchos unicelulares con ADN basura, y en el post pongo un ejemplo.

"va aumentando en los invertebrados, más en los vertebrados y mucho más en primates."

¿Seguro?

"Lo que parece indicar, que la complejidad de los organismos pluricelulares bien puede residir en el ADN, pero en un "código nuevo", con reglas diferentes"

Un código que no existe en la drosófila pero infla el genoma de un saltamontes. Sin que ambos insectos difieran en complejidad. Un código nuevo que algunas especies de cebolla necesitan y otras no. Lo siento, no me cuadra :o)



27
De: El PaleoFreak Fecha: 2012-09-11 09:25

Tamaño del genoma en diferentes tipos de organismos. No se observa aparentemente ninguna relación con la complejidad:



28
De: Zoerick Fecha: 2012-09-11 15:11

Borren esa porqueria de comentario de El Papa Anglosajon.



29
De: acritarchman Fecha: 2012-09-11 15:46

La idea del ADN basura es difícil de tragar más por miedo a subestimar los mecanismos celulares pero sigue siendo cierto que si una secuencia de pares de bases no es dañina, ni beneficiosa, ni esencialmente hace na de ná no existe en principio motivo alguno para ser eliminada. De hecho, TIENE sentido que el ADN basura exista al pensar en transposones, intrones, pseudogenes y otra fauna.
Gran FAQ.



30
De: Zoerick Fecha: 2012-09-11 17:11

Paleofreak te voy a dar un favor.



31
De: Luis Fecha: 2012-09-11 20:58


Hola Paleofreak:

Cuando mencioné la relación entre mutaciones en ADN no codificante y las enfermedades, no quería afirmar que las mutaciones del ADN no codificante producen enfermedades, aunque creo que es totalmente verosímil y presumible. Pero acepto que también podría ser al revés, y que la enfermedad causara las mutaciones (muy improbable), o que hubiera otro causa común tanto para las mutaciones como las enfermedades. Esto no es el centro del asunto.
Lo que yo quería resaltar es que la distinción entre “actividad bioquímica” y “actividad biológica” que tu quieres diferenciar, queda muy diluida y creo que carece de importancia, pues si hay enfermedades, es porque hay actividad biológica.

En cuanto a “Pero es que eso ya se sabía desde hace décadas.” Respecto a mi frase: "El ADN ya no es sólo las instrucciones para codificar proteínas." Tienes toda la razón. Pero hasta hace pocos años, esos mecanismos de regulación génica por cadenas de ARN, en vez de regulación génica sólo por proteínas eran tenidos como algo totalmente marginal.
Este estudio dice que al menos el 80% del genoma se transcribe en ARN y que sólo el 1,5% de ese ARN termina traduciéndose en proteínas. Y que el resto de ese ARN que no se traduce en proteínas (pongamos un 78,5%) tiene, cuando menos actividad bioquímica.

Por lo que yo veo, con este estudio, la importancia del ADN ha cambiado, ha pasado de ser principalmente instrucciones para codificar proteínas (un 1,5% del ADN) para el metabolismo celular, a tener otra misión tan importante o más, como es el de crear cadenas de ARN (un 78,5% del ADN), microARN, etc que dirigen presumiblemente la diferenciación celular, creación de tejidos, y estructura de organismos. Este 78,5% del ADN, además de ser mucho más voluminosos que el 1,5% del ADN (genes clásicos), parece ser información muy importante y relevante para la creación de organismos multicelulares complejos.

"En cambio el ADN "basura" aumenta con la complejidad del organismo" ¿Estás seguro de eso?. Pues seguro, en el sentido de que la relación sea directa, matemática y sin excepciones, pues no. Pero en general sí. Es un hecho creo que ampliamente aceptado. El gráfico que has puesto, ciertamente no lo indica así. Pero hay otros en que se ve claramente cierta relación.

En la primera tabla que aparece en http://es.wikipedia.org/wiki/Genoma_humano se ve que el tamaño del genoma y la complejidad van estrechamente relacionados: 97 Mb el gusano “Caenorhabditis elegans” frente a 2900 Mb el humano. Aunque acepto perfectamente que puede haber excepciones sobre todo con las plantas (las cebollas, el trigo, etc, probablemente por auto hibridación).

En cambio el ADN codificante de proteínas (genes) es casi el mismo en el gusano Caenorhabditis elegans (19000) que en el ser humano (27000).

Por lo que yo veo y creo, es que desde hace años, cada vez había más evidencias de que el ADN basura (ADN no codificante) no era tal ni en tanta cantidad.

Creo que ENCODE ha inclinado definitivamente la balanza. El ADN basura, seguro que existe, ENCODE no lo niega, creo que nadie lo niega, pero ahora se limita la cantidad máxima, como mucho un 20% del ADN.

Y la mayor parte de lo que se creía ADN basura, ENCODE insinúa descaradamente que es información útil, y que cumple, prácticamente sin dudas, una función de regulación, diferenciación celular, embriogénesis, etc, aunque el mecanismo exacto será objeto de otro estudio, de futuras tesis doctorales y probablemente más de un Nóbel.

Ya veremos lo que nos dice el tiempo, sin duda será emocionante.



32
De: El PaleoFreak Fecha: 2012-09-12 09:18

Luis, yo lo que distingo (yo y muchos otros, claro) es función biológica y "funcionalidad bioquímica". En este asunto se ha confundido una cosa con la otra. ADN basura es el que no tiene función biológica aunque pueda tener "funcionalidad bioquímica". De hecho se espera, y ya se sabía, que el ADN basura se transcribe en parte y, por supuesto, se le adhieren específicamente proteínas. No tiene sentido pensar que una secuencia basura va a ser fantasmagórica y no reaccionar con nada. Si sintetizas una gran secuencia aleatoria y la insertas, verás "funcionalidad bioquímica" pero probablemente no habrá (salvo que hayas tenido mucha suerte) ninguna nueva función biológica.

Yo llevo muchos años leyendo sobre la ENORME importancia de la regulación por ADN no codificante. Incluso cuando no se sabía prácticamente nada, se repetía de forma machacona. Lleva mucho tiempo siendo "tendencia" así que no considero en absoluto que se haya marginado ni nada por el estilo.

En cuanto al tamaño del genoma, la tabla de la wikipedia que citas está claramente sesgada a base de poner ejemplos de especies en lugar de rangos de muchas especies. Por ejemplo, ¿por qué la arabidopsis y no la cebolla? ¿por qué la drosófila y no el saltamontes que te mencioné? ¿Qué hay de reptiles y aves (reptiles tienen tamaños de genoma de un rango similar al de los mamíferos; las aves, mucho más pequeños)? Mis datos provienen de una enorme base de datos muy actualizada: http://www.genomesize.com/  Y esos datos lo que dicen claramente es que hay enormes diferencias en tamaño del genoma incluso entre especies próximas, y eso es difícilmente compatible con la hipótesis de que la mayor parte del ADN no codificante tiene una importante función biológica.

El ENCODE no limita la cantidad de ADN basura al 20% porque no permite separar el ADN basura del que no es basura y la "funcionalidad bioquímica" que detecta también se encuentra en el ADN basura. Así de sencillo. Luego pueden "insinuar descaradamente" lo que quieran, claro. Cada uno es libre.



33
De: gualtrapatherion Fecha: 2012-09-12 11:20

Flipante el enlace del genomesize, resulta que el tamaño del genoma humano (3'5 pg) es muy inferior al del mono de Allen (5'19 pg), casi la mitad que el del topo dorado (6'32 pg), la tercera parte que el de un sapo de vientre de fuego (10'36 g), y casi la décima parte que el de la mayoría de los tritones. Así que,o la "complejidad" no va asociada al tamaño del genoma, o nuestra especie es mucho más "simple" que un tritón o un topo dorado.Tengo que decir que no me parece que la estructura anatómica o la fisiología de los humanos sea más compleja que la de los topos dorados o los cercopitecos. Otra cosa es que el comportamiento humano sí sea infinitamente más complejo, pero porque es nuestro cerebro el órgano hipetrofiado en vez de las patas delanteras para excavar, por ejemplo. Creo que es un razonamiento relicto eso de poner al humano como el sumum de la complejidad animal, la cumbre de la evolución y todo eso, y más aún pretender que el tamaño del ADN lo respalde, bueno, pues no lo respalda.



34
De: Zoerick Fecha: 2012-09-12 20:11

Paleofreak tu trato era que borraras esa porqueria de comentario del Papa anglosajon y el AND basura es producido por ver tanto Jersey Shore XD no ya en serio no se porque se produce y el Bionicle te hare estas preguntas

1: con este tema tu como crees que surge el ADN basura

2: en que animal prehistorico te basarias por crear un digimon

3: has jugado algun juego de Bloody Roar. aqui mis opiniones

1: como ya dije no se

2: eligira el Hyracotherium y lo llamaria Hyracotheriumon y tambien estaria basado en los My Little Pony.

3: Bloody Roar es uno de mis juegos favoritos pero solo eh jugado el 2 el 3 y el 4 en mi PS2 y el Extreme en una maquinita. Posdata como las aves son decendientes de los dinosaurios los Angry birds son descendientes de Godzilla xd.



35
De: El PaleoFreak Fecha: 2012-09-12 21:54

Zoerick, eres un alienígena ¿verdad?



36
De: el BIONICLE Fecha: 2012-09-14 01:59

OK.....no entendi el comentario de paleoXD

respondiendo a zoerick :)

1: con este tema tu como crees que surge el ADN basura

R: supongo que de los vestigios de adn o solo para lograr un "rellleno" en vez de tener que eliminar ese material...

2: en que animal prehistorico te basarias por crear un digimon

R: eleginria un plesiosaurio NessimonXD o un dientes de sable (y discord de MLP pokemonizado seria awesomenes)


3: has jugado algun juego de Bloody Roar.

R: no :(



37
De: jose Fecha: 2012-09-19 01:29

Interesante artículo



38
De: Anahí Fecha: 2012-10-03 22:12

Gracias por tus excelentes explicaciones, Paleofreak.



39
De: Alfoogle Fecha: 2012-10-06 19:06

He leido muuuchos blogs, artículos, etc. sobre el tema ENCODE, fundamentalmente los americanos y creo que este el el segundo con el que estoy completamente de acuerdo (el primero es el mio en alfoogle.blogspot.com).
Se han dicho y se sigue diciendo muchas falsedades sobre esta historia. La primera es que hasta el propio editor de Nature dice en su blog que "bueno... 80% funcional no, que realmente es el 8%".
Todo es un asunto muy oscuro por la mezcla de ciencia con creencia donde ambas se confunden. Léete mi blog y lo verás más claro



40
De: Alfoogle Fecha: 2012-10-06 19:19

Si no existe el ADN basura ¿quién explica que dos moscas tengan una relación entre sus genomas de 5 veces?: Drosophila melanogaster con 165 Mb y Drosoph. virilis con 311. Más aún, Musca domestica con 824 Mb



41
De: Alfoogle Fecha: 2012-10-06 19:20

Si no existe el ADN basura ¿quién explica que dos peces prácticamente iguales tengan una relación entre sus genomas de 380 veces?: Tetraodon tiene 320 Mb y Protopterus 121.500 Mb.
No creo que tenga que seguir dando ejemplos.



42
De: Solrak Fecha: 2012-10-09 21:51

No he tenido tiempo de leerme los comentarios acerca de este artículo, pero ¿la "función" de el ADN basura no podría ser esto que acabas de citar?


También parece prácticamente imposible que la selección natural elimine cualquier secuencia inútil que aparezca en un genoma, ya que su coste energético y por tanto su influencia en el número de hijos del individuo va a ser despreciable (especialmente en un ser vivo tan enorme como un humano). Solo cuando la acumulación de estas secuencias "se sale de madre" y comienza a suponer una desventaja, la selección natural empezará a sacar la basura.”

Se puede considerar que, en ese caso, el ADN basura no sería estrictamente basura. Su secuencia estaría libre para evolucionar "basurilmente" pero se conservaría, más o menos, su cantidad. Modificar la secuencia al azar no tendría consecuencias, pero eliminar ese ADN conllevaría problemas serios para el organismo.



43
De: El PaleoFreak Fecha: 2012-10-09 22:36

Solrak, como dije es una hipótesis y de momento las pruebas no indican que sea correcta, al menos hasta donde yo sé.



44
De: Solrak Fecha: 2012-10-10 13:29

Paleofreak, solo te invitaba a esa reflexión.



45
De: chriss Fecha: 2012-11-21 19:22

Scientific American : ¿Debemos retirar la frase "ADN basura" ahora?

Ewan Birney(biólogo computacional) quien dirigió el trabajo de análisis de los 400 científicos que encabezaron el proyecto ENCODE :
Sí, realmente creo que esta frase tiene que ser totalmente eliminada del léxico.
porque les cuesta tanto dejar un concepto atras? dogmas?



46
De: El PaleoFreak Fecha: 2012-11-21 22:44

Efectivamente. Dogmas. Un señor dice que dejemos de usar una frase y tenemos que obedecer.



47
De: el BIONICLE Fecha: 2012-11-21 23:27

CHRISS HAS BEEN POWNED!!!



48
De: orab Fecha: 2012-11-25 22:36

Buenas PaleoFreak, llego tardísimo pero tengo una duda:

si como pusieron por ahí arriba 2 peces muy parecidos tienen respectivamente: Tetraodon 320 Mb y Protopterus 121.500 Mb

¿no es un gasto energético enorme que cada célula de una especie tenga que sintetizar 380 veces más bases que la otra especie en cada división?

Vamos y cuando ponen los huevos supongo que una especie tenga que desovar huevos con muchos más nutrientes respecto a la otra.

¿esto no debería ser un astre evolutivo enorme? la selección natural tendría que actuar a favor de los que menos energía gasten en esa labor.

Es una suposición, aún así estoy de acuerdo con tu FAQ.



49
De: El PaleoFreak Fecha: 2012-11-25 23:38

Es un gasto, pero yo no sé si "enorme". Habría que hacer un cálculo. A lo mejor te sale que es un gasto comparable a tener una escama más en el cuerpo, o un milímetro menos de longitud, etc. O algo todavía más insignificante. No lo sé.



50
De: orab Fecha: 2012-11-26 11:34

Mira buscando un poco hice una cutre-aproximación para humanos, 6 picogramos de ADN por célula y 10^14 células...

nos da 600 gramos de ADN en el cuerpo, si tuviese 10 veces más ADN, ¡serían 6 kilos! 100 veces más 60 kilos. Ya no entro en la energía que supone sintetizar esto.

Quizá en animales grandes esto de tener un genoma lleno de basura sí supone un problemilla.



51
De: El PaleoFreak Fecha: 2012-11-26 13:00

Buen cálculo, aunque quizá sea todavía más. Pocas veces se habla de la masa. El coste energético de la replicación es muy escaso (al menos es lo que he leído en varias fuentes) en comparación con otros procesos celulares.
El tener ADN basura no es un problema hasta que empieza a serlo, claro. Todo depende de la dosis :o)



52
De: orab Fecha: 2012-11-26 15:09

Ahora que pienso en peces no debería importar demasiado la masa de ADN que posee pues vive en un medio acuático (aunque protopterus llegue a pesar 17 kilos), en un medio terrestre sí sería más importante.

Si comparásemos las dimensiones de este pez con las de otro pez de dimensiones parecidas y los pesásemos... quizá encontremos diferencias significativas en su peso, relacionadas (aunque no necesariamente) con la sobrecarga de basura del Protopterus.



53
De: orab Fecha: 2012-11-26 15:12

Respecto a los gastos energéticos acabo de leer que en efecto supone un 0,01% de gasto medio el replicar el genoma (aunque de cerca de un 10% para bacterias de rápido crecimiento), por suerte para el ADN basura, esta reacción está maravillosamente bien catalizada.



54
De: El PaleoFreak Fecha: 2012-11-26 15:42

Ten en cuenta también que hay una relación entre el tamaño del genoma y el tamaño de la célula. La tendencia es a que a mayor genoma, más grandes son las células. Es posible que dos especies cercanas sean de tamaños similares, pero una con un genoma gigante y la otra no, a costa de tener menor número de células pero más gordas. Habría que comprobarlo...



55
De: orab Fecha: 2012-11-26 18:47

Pues en efecto, ¡tienes razón en que aumenta a talla celuar!,

Rebuscando un poco me acabo de encontrar un paper que habla precisamente de la "estrategia frugal" basada en células de gran tamaño de algunos anfibios y peces pulmonados:

http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022519383800022

Y oh, sorpresa! ¡Protopterus es un pulmonado!

Luego si vamos la web de genomesize y miramos los c-values de los pulmonados (Dipnoi) (http://www.biologybrowser.org/taxonomy/term/17491) se puede observar que todos los pumonados tienen unos c-values mucho mayores que por ejemplo los mamíferos, de más de 60 picogramos siempre y muchos andan a la zaga de Protopterus.

La verdad que esto está resultando muy interesante. Puede salir una hipótesis interesante de esto:

¿los pumonados han conservado evolutivamente enorme cantidad de ADN basura porque les beneficia tener supercélulas en su "estrategia energética frugal"?

Saludos



56
De: gualtrapatherion Fecha: 2012-11-27 11:31

Pues sí que es intersante, sí. O sea que a mayor tamaño de las células, menor energía se requiere para mantener el equilibrio iónico a través de las membranas, eso favorecería un gran tamaño celular en especies que necesitan atravesar periodos de letargo con bajo consumo energético, y una forma de aumentar el tamaño celular sería incrementar el tamaño del genoma mediante ADN basura en grandes cantidades. Me parece un buen ejemplo de la "evolución chapucera", alucinante.



57
De: El PaleoFreak Fecha: 2012-11-27 12:52

Creo que no está claro que el genoma grande sea la causa del tamaño grande celular. Hay correlación pero no siempre se cumple.



58
De: gualtrapatherion Fecha: 2012-11-29 11:33

Seguro que hay formas alternativas de conseguir un tamaño celular más grande. Lo bueno sería ver si todos los organismos con células grandes por adaptación a la estrategia energética frugal (o al menos los pertenecientes a un linaje determinado), consiguen ese aumento de tamaño mediante ADN suplementario.



59
De: DANIEL LAPAZANO Fecha: 2012-12-03 06:58

Quien supone que las especies se generan por variación azarosa, desconocen supinamente las causas del origen de esas formas. Un buen estudioso de la Ciencia debería saber que el azar no crea nada, lo que da forma a las "cosas" son las llamadas "fuerzas" (entiéndase leyes, campos, fuerzas, constantes, principios, patrones, etc.). La Ciencia es la búsqueda de esas "fuerzas". El darwinismo es la ignorancia de aquel que le atribuye al azar propiedades "mágicas" que no tiene. O sea que el creador de este blog es un "supersticioso" que piensa que el azar (y la selección natural) da forma a la vida. La "selección natural" que no es una fuerza sino un "evento". O sea NADA. No sirve para componer una teoría. ¿Por qué tal especie sobrevivió y la otra no? “Porque estaba mejor adaptada” ¿Y como sabemos que una especie está mejor adaptada? Pues no lo sabremos hasta tanto veamos que sobrevive…. ¿Y entonces por qué sobrevivió?… Pues sobrevivió porque sobrevivió, esa es la EXPLICACIÓN. Eso es un evento, no una fuerza o ley. Y si hablamos de eventos, el Universo está lleno de “eventos”. Millones. El trabajo de la Ciencia es encontrar la explicación de esos eventos, no ignorar la explicación para montarse sobre el evento mismo. Eso no es Ciencia. En el análisis final el darwinismo carece completamente de poder explicativo. Su fundamentación es puramente "verbal", no “científica”. En eso se parece a algunas religiones que conozco.



60
De: El PaleoFreak Fecha: 2012-12-03 11:01

Hola, Daniel. Demuestras que no entiendes el concepto de selección natural, que no tiene mucho que ver con la supervivencia de las especies. Por favor, infórmate mejor y después, si quieres, vienes otra vez.



61
De: gualtrapatherion Fecha: 2012-12-03 14:29

Eventos hay muchos, sí.



62
De: Anónimo Fecha: 2013-01-16 16:04

mientras siguen negando lo innegable aparecen nuevos documentos...
los Intrones son claves para los Códigos de empalme ( Nature Structural & Molecular Biology ).
secuencias de no codificacantes de microARN regulan el destino de las células madre (Genes and Developmen).
ADN basura dirige el desarrollo facial (Medical Daily).
ADN basura impulsa el desarrollo embrionario( Medical Xpress).
lincRNAs constituyen una importante capa de regulación del genoma a través de un amplio espectro de especies (Genome Biology )..etc.
seguiran con la negacion ?



63
De: chriss Fecha: 2013-01-16 16:05

ahh, y para compreder mejor la seleccion natural , solo hay que comprender el concepto de tautologia.



64
De: El PaleoFreak Fecha: 2013-01-16 21:16

"seguiran con la negacion ?"

Parece que no has entendido el FAQ (punto octavo, concretamente).



65
De: Anónimo Fecha: 2013-01-17 16:20

el concepto y la etiqueta de Adn basura es responsabilidad de los defensores de la teoria sintetica :
- "la mayor parte del genoma bien podría no estar allí, para toda la diferencia que hace", y este hecho es "útil
para avergonzar creacionistas".
R. Dawkins "El mayor espectáculo sobre la tierra”

- "Es verdad que bien establecidas trozos de ADN basura-como se conoce pseudogenes se han utilizado con eficacia para
desafiar la idea de que nuestro genoma parece diseñada. Los ejemplos siguen siendo poderosos, y verdadero, ejemplos
de la evolución que no se pueden explicar por el creacionismo de diseño inteligente. Ellos no han sido refutadas y no
han sido explicados por los idiotas”
L. Moran .... http://sandwalk.blogspot.com/2011/05/junk-jonathan-part-3-preface.html

- "El genoma humano está lleno de pseudogenes, fragmentos de genes, los genes" huérfanos "," ADN basura ", y copias
repetidas de muchas secuencias de ADN sin sentido que no se pueden atribuir a cualquier cosa que se asemeja a un
diseño inteligente "
Kenneth R. Miller "The Grand Design Life»

- "hay que preguntarse por qué el Diseñador Inteligente puso en nuestro genoma ADN basura , copias repetidas de ADN
inútil, genes huérfanos , fragmentos de genes, repeticiones en tándem, y pseudogenes, ninguno de los cuales están
involucrados directamente en la elaboración de un ser humano."
Michael Shermer "Por qué importa Darwin”

- "El diseño perfecto sería verdaderamente el signo de un diseñador experto e inteligente. Diseño imperfecto es la
marca de la evolución". SOBRE LA BASE DE LA TEORÍA NEODARWINISTA , "esperamos encontrar en los genomas de muchas
especies, genes silenciados, o 'muertos':. Genes que una vez fueron útiles, pero ya no están intactos o no se
expresan" Son los llamados "pseudogenes"...." la PREDICCIÓN EVOLUTIVA que encontraremos pseudogenes se ha cumplido-con
creces." De hecho, "nuestro genoma y el de otras especies, son los cementerios realmente bien poblados de genes
muertos"
J. Coyne "Por qué la evolución es verdadera”
... no hay jalones de orejas para ellos?



66
De: El PaleoFreak Fecha: 2013-01-17 17:19

?



67
De: tenko Fecha: 2013-04-27 21:08

Es raro que llámenos AND basura cuando no sabemos para sirve mayorías de los genes, NI SIQUIERAS SABEMOS CUANTO AND basura existen, sólo tenemos estimaciones y bastantes malas, (50 al 90%) si consideramos la cantidad de genes existentes. En pate el éxito del crecinimos, digo diseño inteligentes ha sido más allá de preposición de personas para creerlo, asido parecieras los datos dan estudios de genéticas fiables que digamos. Por ejemplo, estudios de genes que encuentran varios genes para una sola características, ningunos de estos apoyando al otros; estudios genes que con el tiempo empieza atribulen cada vez más cosas no tiene nada que ver, por lo menos no encontrado estudio diga gen predispone mala salud un órgano “x” predispone la buena salud del órgano “y”; O estudio dicen encontraron un gen “x” que hace “y” cosa para en par de años de digan que no y terminen atribuyendo al azar contingente…Sería el colmo parte de ese 10 de secuencias bacteria no estuviera en genoma basura. Con esto quiero decir no estamos en condiciones clasificar cuales genes basura o no. El único criterio hay es si son activo bio químicamente, no es malo, pero sin embargo se encontrado genes supuestamente basura y luego hacían algo. Codificación genoma hacer cuadriculas de un mapas pero este sigue gran parte en negro.
Puede condenar el huso le dan los neo creacionistas, pero no negarle el beneficios de la duda, de la no exigencias de los genes basuras. Históricamente existido propuestas menos solidas luego ha dado la razón el darwinismo sin las leyes estableció Mendes sido desechada fácilmente, spimotologicamentes conocimientos mendelianos esta defesado ya que los genes se comportan premisamente como dice Mendes.
Nota; una de las criticas mas costantes a teorías neodarwiniana es carácter tautológicos evita ser falciadas. Como comentario adicional, tengo mencionar digieran anacrónicos, la religión, el estado depende y la ciencias depende del pensamientos mágico para funcionar. Crees que la explicación de “asar más tiempo se puede hacer cualquier cosa” es un ejemplo de pensamiento es mágica.



68
De: tenko Fecha: 2013-04-27 21:23

Se me olvido, a veces no sabemos funciona las cosas hasta no la tenemos, damos por hecho sirven o no sirven antes de tiempo, Ejemplo histórico fue caserías masiva de gorriones en china manda por Mause Tush, pensando que las haber eran estorbo al progreso social comerse los granos, hubo un efecto de resecas al aumentar los las plagas dañaban el arroz.



69
De: El PaleoFreak Fecha: 2013-04-28 09:21

Tenko,
Se sabe que el ADN basura no sirve para nada por su comportamiento evolutivo y otros indicios.
Las secuencias con función desconocida simplemente no se consideran ADN basura.
Me resulta muy difícil entenderte por tu forma de escribir.



70
De: chriss Fecha: 2013-10-24 23:07

mas evidencia de la funcionalidad de la "basura":
Que es el adn basura ? : un sistema operativo
http://www.genengnews.com/insight-and-intelligence/what-junk-dna-it-s-an-operating-system/77899872/



71
De: El PaleoFreak Fecha: 2013-10-25 00:03

Pues qué pedazo de sistema operativo tiene la cebolla, oiga.



72
De: Anónimo Fecha: 2013-12-09 09:48

Según el Dr. Stamatoyannopoulos, la investigación reveló que, con las enfermedades, "No es necesariamente el gen, pero probablemente una red de genes que están trabajando juntos." Agregó que las secuencias reguladoras de ADN, o "switches" pueden orquestar redes enteras. Estos pensamientos fueron afirmadas por Eric Schadt, Ph.D., profesor y director de la genética y las ciencias genómicas en el Monte Sinai School of Medicine en Nueva York. Dr. Schadt, quien co-autor de una perspectiva que acompaña el artículo, dijo: "Ellos están afectando a las regiones en el ADN que regulan si los genes se expresen o no, y en qué nivel. Ellos están jugando un papel más importante de regulación frente a una función de proteínas de función ".



73
De: Anónimo Fecha: 2013-12-09 09:49

http://www.genengnews.com/insight-and-intelligence/what-junk-dna-it-s-an-operating-system/77899872/



74
De: El PaleoFreak Fecha: 2013-12-09 11:38

Lo siento, no se permite hacer "corta y pega" de textos, y menos de material creacionista.



75
De: CHRISS Fecha: 2014-01-27 18:25

para acabar mas rapido con sus dogmas....
"Basura" ? No tan rápido
Científicos de Harvard muestran que lincRNA, que se creía inútil, juega un papel en el genoma

http://news.harvard.edu/gazette/story/2014/01/junk-not-so-fast/

p.d CELL es una revista creacionista? veo que estan muy adoctrinados ....
http://en.wikipedia.org/wiki/Cell_(journal)



76
De: El PaleoFreak Fecha: 2014-01-27 21:25

¿Quién ha dicho que Cell sea una revista creacionista o que un tipo concreto de molécula que alguien haya considerado inútil resulte luego tener una función?

¿Dogmas? ¿Adoctrinamiento? No tan rápido ;oP



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