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Golpe final al ENCODE (y viva el ADN basura)

Como recordaréis, hace unos meses los medios de comunicación de todo el mundo y los sitios web especializados en ciencia daban la noticia de que la mayor parte de nuestro genoma tenía una función esencial para el organismo; el concepto de "ADN basura" había sido demolido por los resultados del proyecto ENCODE.

Pero aquello era imposible (a no ser que la teoría evolutiva y la genética en general estuvieran equivocadas en aspectos muy fundamentales, y eso no tiene ninguna pinta de ocurrir por mucho que les pese a creacionistas y a unos cuantos "evolucionistas heterodoxos"). El ADN basura existe en grandes cantidades, y de forma probada. Además de existir en la realidad, en teoría también tiene que existir.

De modo que escribí un FAQ algo apresuradamente (y además me puse on fire en Twitter).

Ha pasado algo de tiempo y ese post ha aguantado muy bien. Hoy en día, las afirmaciones sobre el ADN basura y sobre la funcionalidad del genoma que se hicieron durante la divulgación y la "venta" en los medios del proyecto ENCODE son ampliamente consideradas una... grandísima cagada.

Un artículo publicado ayer en Genome Biology and Evolution le da tal somanta de palos (palos científicos, no exentos de ironía y cierta crueldad) a las fanfarronadas del ENCODE que probablemente haya puesto el punto y final a este triste asunto en la comunidad de biólogos, si es que aún quedaba algo de controversia ahí. Fuera de dicha comunidad, o sea, para el lector común de noticias científicas, me temo que el ADN basura seguirá tratándose erróneamente como la creencia obsoleta de unos investigadores arrogantes que, cuando no saben para qué sirve algo, lo desprecian como algo inútil.

"The ENCODE results were predicted by one of its authors to necessitate the rewriting of textbooks. We agree, many textbooksdealing with marketing, mass-media hype, and public relations may well have to be rewritten".

El artículo es magnífico, perfecto, divertido, demoledor (hay que tener cierta base de genética y biología molecular para entenderlo al 100%). Puede leerse gratis aquí. Desde hoy, Dan Graur, Yichen Zheng, Nicholas Price, Ricardo B. R. Azevedo, Rebecca A. Zufall, y Eran Elhaik son mis ídolos.



*Dan Graur et al. On the immortality of television sets: “function” in the human genome according to the evolution-free gospel of ENCODE. Genome Biol Evol (2013) first published online February 20, 2013. doi: 10.1093/gbe/evt028

2013-02-21 | Haz un comentario (hay 26)


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Comentarios

1
De: S.Belizón Fecha: 2013-02-22 11:57

pobrecillos los de ENCODE..., después de leer el abstract me dan hasta penica!



2
De: D.E.L Fecha: 2013-02-22 21:15

A ver, creo que tampoco es que los del ENCODE hayan dicho que la Tierra es hueca:
http://www.las21tesisdetito.com/tierrahueca.htm
xDDDDD
Sinceramente, importaría que el ADN basura tuviera una utilidad desconocida y oculta???... Los creatas están cogidos por todos lados, hay pruebas de la evolución suficientes para que no tengan nada que hacer.
Si ciertamente no sirve para nada, pues bueno, hay más cosas en los organismos que no sirven para nada, tampoco es algo absolutamente único.
Al menos esa es mi opinión.



3
De: Prothaos Fecha: 2013-02-22 21:19

"According to Eric Lander, a Human Genome Project luminary, ENCODE is the “Google Maps of the human genome” (Durbin et al. 2010). We beg to differ, ENCODE is considerably worse than even Apple Maps."

DIOS. MIS NUEVOS ÍDOLOS.



4
De: Devils Fecha: 2013-02-23 15:21

Por ser la mosca cojonera. No me gusta el tono excesivamente faltón del artículo: se puede ser, y en el entorno académico normalmente se es, igualmente crítico de manera mucho más correcta. Como efecto secundario, la inclusión de chascarrillos como el de los Apple Maps hará que el artículo se entienda mal, digamos, en 10 años. Pierden además la oportunidad de reforzar sus críticas reconociendo la utilidad del ENCODE, que la tiene. Y no pequeña.

Por lo demás, la hostia es tan grande como merecida. Y dónde duele, en el máketing del asunto, dónde son tan culpables los autores como los editores que les dejaron dar ese bombo sin ser críticos.



5
De: Kgz Fecha: 2013-02-24 14:26

Que algo no sirve para nada en biología es de presuntuosos. Más bien, como Sócrates, uno debe asumir su ignorancia.
Volviendo al tema, lo único claro es que desconocemos su función. Eso es el principio de parsimonia y humildad científica.



6
De: El PaleoFreak Fecha: 2013-02-24 15:18

No. Es ignorante el pensar que todo tiene una función en biología.
Y presuntuoso es hablar de lo que tiene que pensar un científico sin conocer el tema.



7
De: Kgz Fecha: 2013-02-24 19:12

Especular...
http://blogs.elpais.com/el-salto-del-angel/2013/02/formas-de-especular.html



8
De: Epicureo Fecha: 2013-02-24 23:27

Si entiendo lo que dice el artículo, aquí tenemos un trabajo científico falseado no tanto por errores metodológicos (que también hay alguno) como por errores lógicos y conceptuales no específicos de la biología: considerar como "funcional" no a lo que "sirve para algo" (que sería lo normal), sino a lo que "parece que puede hacer algo", y luego publicar los resultados como si se ajustaran a la primera definición.

Tengo en casa una cafetera que no puede hacer café desde hace mucho, sólo hace ruidos, luego según ENCODE funciona y es un instrumento musical.

Dice el artículo que, ya puestos, podrían haber dicho que el 100 % del DNA es funcional, puesto que todo él hace algo sin falta: autorreplicarse.

Entiendo que el artículo sea un poco pasado de vueltas: los autores hacen lo que pueden para que tenga eco, puesto que desgraciadamente las novedades se publican en portada y las rectificaciones en un recuadrito en página par.

Desgraciadamente no será suficiente y seguiremos leyendo que casi todo el ADN es funcional.

Por cierto, interesante la distinción entre "garbage" (basura) y "junk" (chatarra), que siempre se pierde en las malas traducciones (yo leo siempre "ADN basura"). La basura es definitivamente inútil, la chatarra puede reutilizarse, aunque sea para algo distinto a su función original.



9
De: David de Lorenzo Fecha: 2013-02-25 00:19

Conozco personalmente a Dan Graur desde 1998, y es tan brillante como radical en su discurso. Creo que su artículo falla en las mismas cosas que él mismo critica del proyecto ENCODE. No necesariamente la utilidad del ADN basura tiene que ser su secuencia. La misma distancia en nucleotidos puede ser relevante, haciendo de "andamiaje" para las regiones codificantes (se ha observado que la localización de genes en el núcleo es relevante para su actividad) o de interespaciadores para modificar la recombinacion. Creo que aquí todos pecan un poco de una interpretacion parcial del resultado.
David



10
De: PersonaZoerick Fecha: 2013-02-25 00:30

Orale esto es un paso para el humano perfecto y el Bionicle te hare estas preguntas

1: cual es tu personaje favorito de Bionicle

2: Que opinas de Playstation all stars battle royale (el Super Smash Bros de sony)



11
De: Leo Fecha: 2013-02-25 16:30

Yo estoy de acuerdo con Devils (4) y con David de Lorenzo (9)

Dejemos el sarcasmo en el cajon cuando escribamos un paper; y los autores se pasan un poco de frenada por criticar un poco mas al articulo original, cuando no les hacia falta.

Si del primero me parecia que los editores deberian haber hecho un mejor trabajo, lo mismo opino de este. Claro que a lo mejor lo que quieren es publicidad barata para su revista, subir el indice de impacto, etc.

Para eso, si quieren seguir asi, que se pasen al Hola y al QMD.



12
De: El PaleoFreak Fecha: 2013-02-26 01:22

David de Lorenzo, la hipótesis del "andamiaje" no se sostiene bien en cuanto uno compara los tamaños genómicos de diversas especies, incluidas especies cercanas. ¿Para qué iba a necesitar una especie cientos de veces más "andamiaje" que otra emparentada o de complejidad similar? De cualquier modo no es relevante en la crítica de las afirmaciones de los del ENCODE, pues éstas se refieren principalmente a funciones biológicas dependientes de la secuencia.

Leo, a ti no te gusta que haya sarcasmo en un paper, pero a mí sí. Aparte de los gustos de cada uno está la validez de los argumentos que Graur et. al desarrollan. Seguramente estamos de acuerdo en que eso mucho más relevante en ciencia, y en que no es algo que se vea mucho en esas revistas de cotilleos que mencionas.



13
De: Francesc Fecha: 2013-02-27 12:16

David, "No necesariamente la utilidad del ADN basura tiene que ser su secuencia" es que lo primero que discute el artículo es qué se considera "utilidad". Y definir eso es lo primero que haría un matemático. Y cuando ENCODE dice que el 80% del ADN es útil, son conscientes que la gente entenderá que dicen "todo el ADN codifica al ser humano" cuando, en realidad, y partiendo de su definición de funcionalidad, deberían decir algo como "el 80% del ADN interacciona en algún momento con alguna sustancia química de la célula". No es lo mismo. Y tampoco es conocimiento nuevo. Y fueron deshonestos para sacar un titular. Y pueden llevar a error a otros biólogos, ya que intuitivamente si algo es funcional debería ser más difícil de modificar por la evolución. Vamos, que no veo el problema de que un artículo científico sea sarcástico, pero es que además los de ENCODE se lo han ganado a pulso.



14
De: EL PAPA Fecha: 2013-02-27 19:27

EL ADN BASURA ES UNA MENTIRA CREADA POR SATANAS PARA EÑAGANARNOS Y HACER QUE DESPRESTIGIEMOS A DIOS



15
De: ninguen Fecha: 2013-02-28 21:27

El artículo es muy bueno y el tono me parece el adecuado. Grandes afirmaciones requieren grandes pruebas y ENCODE estaba reescribiendo la genética tal y como la entendemos en base a castillos en el aire. El mismo atrevimiento engreído e ignorante del ENCODE es quien les hizo acreedores de la sorna y mofa de la que son objetos en el artículo.

Recomiendo a la gente que vaya a la parte final del artículo, dónde sacan las conclusiones, explican mejor el concepto de DNA basura, que en castellano más bien debería ser cacharrada, chatarra, desguace o algo similar que es a lo que hace referencia Junk (DNA basura sería garbage)



16
De: El PaleoFreak Fecha: 2013-02-28 22:26

¡PLAS, PLAS, PLAS!



17
De: Xrp Fecha: 2013-03-04 15:47

No hay que saber de biología para haber oído hablar de la ley de Sturgeon.

Es más, a veces se puede aplicar recursivamente. Sólo hay que leer el diario de cualquiera de estos días.



18
De: Zascandil pero papable Fecha: 2013-03-04 17:27

Que Dan Graur es ahora tu ídolo, es sabido que el Sombrero Mágico lo seleccionó para Slytherin...



19
De: orab Fecha: 2013-03-05 02:46

Creo que Epicureo lo ha clavado, debería dedicarse a la divulgación científica:


"Tengo en casa una cafetera que no puede hacer café desde hace mucho, sólo hace ruidos, luego según ENCODE funciona y es un instrumento musical."

xDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD



20
De: Epicureo Fecha: 2013-03-06 22:41

Gracias, orab.

Por cierto, el comentárido (nº 14) de EL PAPA (¡pero si no hay!) es para enmarcarlo.



21
De: tenko Fecha: 2013-04-27 09:24

Yo no yamarias AND basuras no tengas unutilidad. No pensamos en las cosas hasta que no funcinas, se dan por hechos. Bajo concepto genoma basura se deberias rastros de claros de todos nuestros antes pasados.



22
De: chriss Fecha: 2013-10-24 23:05

siguen aferrandose a sus dogmas y festejan despues de leer el resumen de un articulo hecho con el higado? ... mientras tanto en las ciencias:

Que es el adn basura ? : un sistema operativo
http://www.genengnews.com/insight-and-intelligence/what-junk-dna-it-s-an-operating-system/77899872/



23
De: CHRISS Fecha: 2014-01-27 18:21

para acabar mas rapido con sus dogmas....
"Basura" ? No tan rápido
Científicos de Harvard muestran que lincRNA, que se creía inútil, juega un papel en el genoma

http://news.harvard.edu/gazette/story/2014/01/junk-not-so-fast/



24
De: Hexo Fecha: 2014-04-18 07:33

Los comentarios que se hacen en este blog nuca dejan de sorprenderme.



25
De: adamnesico Fecha: 2014-04-21 13:40

A mi lo de que casi todo el ADN sea inútil suena algo raro.
Creo que la célula gastará bastante energía en replicar y mantener todo eso. ¿No sería seleccionable una menor cantidad de ADN basura? Sería un ahorro de energía y tiempo, no?
Claro que no se si existen mecanismos para quitar ADN basura, cosa que igual origina los genomas enormes de la cebolla, dipnoo, ranas...
Aun asi, no se si seria el artículo de ENCODE, pero leí en alguna parte que >50 % del genoma tiene funciones de regulación. Y puede que otra parte imporatante la tenga simplemente estructural, en plan: Cada elemento a su distancia adecuada.



26
De: El PaleoFreak Fecha: 2014-04-21 18:15

Adamnésico, sí es seleccionable una menor cantidad de ADN basura... por eso no tenemos "infinito" ADN basura.
En organismos grandes ese gasto es relativamente pequeño y la selección natural no podrá actuar en contra la mayor parte de las veces.
Lo de la función estructural ya lo comento en el post.



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